Asp.Net Mvc ile JavaScript Çalıştırma

Sorunuz çok anlaşılır değil ama anladığım kadarı ile cevaplamaya çalışayım.

Eğer View içerisinde Javascript çalıştıracaksanız, bunun HTML sayfada nasıl yapıyorsanız o şekilde yani

<script></script> etiketleri arasına javascript kodunuzu yaparak çalıştırabilirsiniz.

Controller içinden View içindeki bir javascrip metodunu tetiklemek istiyorsanız bunu gerçekte yapamazsınız. Yani doğrudan Controller tarafında javascript metodunu çağıramazsınız.

Fakat şöyle bir yöntem ile yapabilirsiniz
 

/controller tarafı
public ActionResult Index()
{
    ViewBag.Js = "bisilerYap();";
    return View();
}

// View bölümü:
<script type="text/javascript">
   @ViewBag.Js 
</script>

Ya da siz tam olarak yapmak istediğinizi yazarsanız belki daha farklı yöntem önerebilirim.