ASP.NET Web Site ve ASP.NET Web Application arasında ne fark var?

Asp.Net Web application projelerinde:

1. Proje Yapısı: Tüm proje bilgilerin .csproj veya .vbproj dosyalarında saklanır. Projede yer alan dosyalar, proje referansları bu dosyalarda saklanır.
2. Derleme: Uygulamanızı geliştirme yaptığınız bilgisayarda derlemeniz gereklidir.
   Derleme sonrasında tek bir assembly (.dll dosyası) ve aspx, ascx gibi ayrı dosyalar üretirsiniz.
3. Namespace:  sayfalara, kontrollere ve sınıflara açık olarak namespace eklenir
4. Dağıtım:  Uygulamanızın derlenmesi sonucunda üretilecek Assembly (.dll) dosyasını sunucuya atmalısınız

Asp.Net Web Site projelerinde:

1. Proje Yapısı: proje dosyası oluşturulmaz, .csproj veya .vbproj yoktur. Klasör yapısındaki tüm dosyalar projeye eklenir.
2. Derleme:  Derleme çalışma anında sunucuya gelen ilk istekte gerçekleşir. 
   Sunucuda ki bu derleme sonrasında bir çok Assembly (.dll dosyası) üretilir. 
3. Namespace:  sayfalara, kontrollere ve sınıflara açık olarak namespace eklenmez.
4. Dağıtım:  Tüm kaynak dosyalarınızı IIS yüklü web sunucuya atmanız gerekir.
   Ön derleme yaptıysanız, ön derleme çıktılarını sunucuya atmalısınız.

Asp.Net'de yeniyseniz Asp.Net Web application projesi yapmanız daha uygundur.